A tradição histórica da UFNT inicia-se com a "Faculdade de Educação, Ciências e Letras de "Araguaína" (Facila), criada pela lei estadual nº 9.470, de 11 de julho de 1984.[6] Passou a existir já ofertando os cursos de letras, história, geografia, estudos sociais e ciências. Foi absorvida inicialmente pela Universidade Estadual do Tocantins (Unitins) até que, em 2003, sua estrutura foi repassada a Universidade Federal do Tocantins (UFT).
Propostas de criação de uma universidade autônoma ao norte do estado do Tocantins permeavam as principais discussões regionais sobre educação, porém nunca tinham forças para tornar-se projeto parlamentar. Porém, estudos encomendados ao ministro da educação Aloizio Mercadante permitiram o envio do projeto de lei nº 5274/2016 à Câmara dos Deputados, em maio de 2016, de autoria do executivo de Dilma Rousseff, propondo a criação de uma nova universidade no estado a partir do desmembramento dos campi da UFT de Araguaína e Tocantinópolis.[8][9]
Após tramitar por todas as comissões legislativas, a proposição tornou-se a lei nº 13.856, de criação da "Universidade Federal do Norte do Tocantins" (UFNT), sancionada em 8 julho de 2019 pelo presidente Jair Bolsonaro, tornando-se vigente somente a partir de 9 julho de 2019, com sua publicação no Diário Oficial da União.
Mesmo já criada oficialmente, somente tornou-se efetiva após a nomeação do professor-doutor em geografia Airton Sieben como reitor pro-tempore, em 9 de julho de 2020. Sieben terá a missão de promover a transição entre a UFT e a UFNT.
Infraestrutura
A UFNT possui o campus sede, que é o de Araguaína, composto de quatro unidades: Centro de Ciências Integradas (Unidade Cimba), localizado no Setor Cimba; a Escola de Medicina Veterinária e Zootecnia (Unidade EMVZ), localizada no Km 112 da BR-153; o Centro de Ciências da Saúde (Unidade CCS), no bairro de Fátima, e; o Hospital Universitário de Doenças Tropicais de Araguaína (HDT-UFNT), localizado no Setor Anhanguera.
Já o campus de Tocantinópolis é composto pela unidade Centro, localizada no bairro Céu Azul, e a unidade Babaçu, localizada na Vila Santa Rita.
